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大多數水源溶解性二氧化硅(SiO2)的含量在1~100mg/L。過飽和SO能夠自動聚合形成不溶性的膠體硅或膠狀硅，引膜的污染。濃水中的最大允許SiO2濃度取決于SiOz的溶解度。

濃水中硅的結垢傾向與進水中的情形不同，這是因為SiO2濃度增加的同時，濃水的pH值也在變化，這樣SiOz的結垢計要根據原水水質分析和反滲透的操作參數(回收率)而定。

如果出現一定量的金屬，如A13+的話，可能會通過形成金屬硅酸鹽改變SiO2的溶解度。硅結垢的發生大多數為水中存在鐵。因此，如果存在硅的話，應保證水中沒有鋁或鐵，并且推薦使用1um的保安濾器濾芯，同時采取預防性的酸性清措施。

為了提高回收率，進行石灰一純堿軟化預處理時，應添加氧化鎂或鋁酸鈉以減少進水中的 SiOz濃度，同時確保軟化過程有效運轉十分重要，以防止反滲透系統會出現難溶金屬硅酸鹽;

由于pH值低于7或高于7.8，可以增加硅的溶解度，就防止硅的結垢而言，加酸或加堿可以提高水的回收率，但在高pH條件下，要防止 CaCO3的沉淀;

當采用熱交換器增加進水溫度時，就二氧化硅的結垢而言，可以顯著地提高水的回收率，但膜系統的最高允許溫度為45°℃;

高分子量的聚丙烯酸酯阻垢劑可以用于增加二氧化硅的溶解度。

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